研究院實行理事顧問委員會領導下的院長負責制，大連海事大學、大連市交通運輸局作為高校理事長和政府理事長單位；發改、商務、口岸等政府部門和遼港、中遠海運、機場集團等在連港航企業，交通運輸部下屬科研院所等國內一流科研院所組成理事顧問單位，吸納國內外行業專家學者作為顧問，構建“政產學研用”一體的智庫團隊。

大連東北亞國際航運中心研究院下設國際航運、港口發展、航運政策、航運金融、航運信息研究所和港航大數據實驗室等機構，重點開展東北亞國際航運中心、國際物流中心建設的政策研究和創新實踐，并將聚焦灣區發展、樞紐通道建設、多式聯運“一單制”、海上環境保護、航運中心與自貿區聯動、干散貨和集裝箱航運價格指數等方面開展專題研究。(記者 楊麗娟)